PRODUCT / CAPABILITIES

从数据上传到报告生成,AI 帮你跑通全流程

少一些环境配置与工具切换,多一些对生物学问题的专注。

AI 驱动的全流程分析

01

上传数据

上传测序文件、表达矩阵或样本信息。

02

自然语言提问

用一句话描述目标、分组和分析需求。

03

AI 生成流程

生成分析 DAG,自动选择工具和参数。

04

分析执行

调用工具与脚本,保留分析中间产物。

05

报告生成

汇总图表、统计、方法和生物学解读。

科研所需,开箱即用

58 个分析 Skill、46 个工具、36 个数据库/数据源条目,覆盖从数据处理到结果解读的完整流程。其中数据源 22 个已接入、14 个待接入。

Skills

SKILLS

alignment-gap-trimming-metrics

发现原始 FASTA 或预计算的直系同源序列比对;必要时运行 MAFFT,计算明确分母和汇总方式的缺口比例,并按完整直系同源基因资格评估和排序 ClipKIT 风格的剪切长度降幅。

SKILLS

archive-dataset-prep

安全解压或暂存压缩的生物信息数据集,保留分组与样本边界,识别文件角色,并生成供下游分析使用的文件清单。

SKILLS

biomedical-literature-db-lookup

把研究智能体检索的生物医学记录和本地方法证据转换为明确的分析约束、可复现的样本排除规则、实体映射、数据库登录号和交接产物。

SKILLS

biostatistics-tests-power

识别小型生物实验表格结构,执行合并标准差 Cohen's d、t 检验、Welch 检验、Mann-Whitney U 检验、Shapiro-Wilk 正态性检验、单因素或双因素方差分析及两样本功效或样本量分析,并输出可审计的数值结果。

SKILLS

bulk-rnaseq-deseq2-core

从计数矩阵和样本信息规划并运行通用 Bulk RNA-seq DESeq2 或 PyDESeq2 差异表达分析,包括表结构识别、设计公式、对比组与参照组设置、效应收缩辨析和差异基因阈值约定。

SKILLS

busco-ortholog-completeness

发现、解析并汇总 BUSCO 结果表和单拷贝序列;计算多个蛋白组共有的完整单拷贝直系同源基因、氨基酸总量和 BUSCO 状态汇总,并明确谱系、样本分组和分母。

SKILLS

clinical-data-qc-filtering

执行患者或受试者级临床表格质控,包括临床与组学数据的完整病例计数、缺失或无效标签处理、AE/MH/DM 事件精确筛选、异常队列隔离和标识符对齐。

SKILLS

clinical-ordinal-logistic-vaccine

发现 AE、DM、MH 临床试验表,构建疫苗类有序严重程度队列,运行比例优势有序逻辑回归或卡方亚组检验,并输出治疗效应、交互作用、既往史、优势比、置信区间、p 值和百分比变化等可审计结果。

SKILLS

clinical-treatment-response-logistic

拟合二分类临床治疗反应逻辑回归,明确治疗队列和事件编码,比较公式与 AIC,并输出系数、p 值、优势比和预测概率。

SKILLS

consensus-clustering-pca-enrichment

对表达矩阵开展亚型分析,包括输入与表结构识别、样本编号对齐、重复值处理、一致性或自助法聚类、PCA 解释方差汇总,以及各聚类的 Reactome、GO、KEGG 或 WikiPathways 富集分析。

SKILLS

correlation-expression-essentiality

识别表结构并分析基因表达与基因长度、必需性、依赖性或表达分布偏度之间的关系;支持 Pearson 或 Spearman 相关、FDR 与 BH 校正,并输出可审计的基因级结果。

SKILLS

cpg-methylation-density

识别 CpG 甲基化位点和染色体长度表结构,按阈值筛选甲基化位点,汇总不重复 CpG 位点,并计算染色体密度、密度比、最高密度染色体、全基因组平均密度、长度加权卡方统计量及移除位点数。

SKILLS

crispr-screen-enrichment

分析 CRISPR 或 MAGeCK 筛选数据,识别基因与 sgRNA 表结构,计算重复样本相关性、条件级通路过度富集、最强富集条件、连续轮次稳定性、显著条件比例、免疫相关通路和预排序 GSEA 结果。

SKILLS

data-file-inspection

只读检查生物信息输入文件、目录、表格结构、Excel 工作表、样本编号和分析就绪产物,为下游分析确认数据可用性。

SKILLS

debugging-artifact-contracts

诊断生物信息运行失败,并在报告前校验产物路径、摘要、答案文件和最终答案约定是否完整有效。

SKILLS

gene-annotation-id-mapping

识别并转换本地或批量基因标识符,整合从 NCBI 或 Ensembl 获取的记录,生成可复现的基因注释映射和下游交接产物。

SKILLS

human-chip-variant-cohort

分析人类 BLM/CHIP 队列变异数据,包括样本信息关联、VAF 阈值与分箱、CHIP 成员判断、非参考或外显子变异筛选、良性/同义/错义比例、每样本计数、主要基因和分组频率检验。

SKILLS

kegg-enrichment-specialist

使用本地固定 KEGG 快照对 RNA-seq 或差异表达结果进行可复现富集分析,支持 Python 过度富集和经离线适配的 clusterProfiler 调用,并检查物种、表结构、通路贡献基因和通路集合关系。

SKILLS

m6a-expression-integration

整合 m6A 或差异甲基化状态与基因表达或差异表达状态,识别表结构和计数单位,计算高甲基化/低甲基化数量、比例、比值、m6A×差异表达列联表及 Pearson 卡方独立性检验。

SKILLS

metabolomics-untargeted-lcms

对非靶向 LC-MS 原始数据执行 XCMS 峰提取、保留时间校正、特征分组和缺失峰填充,或对已有特征表执行两组 PCA、Welch t 检验或 Wilcoxon 检验、FDR 校正和可视化。

SKILLS

microbial-read-qc-coverage

解释微生物双端测序质控结果,运行或审计 Trimmomatic 双端剪切,使用 BWA-MEM 和 samtools 准备比对,并按样本计算明确读段/读对单位和参考序列分母的平均覆盖深度。

SKILLS

microbial-variant-calling-summary

发现微生物 VCF、BAM 和参考序列;按需运行或审计 GATK HaplotypeCaller,统计 SNP/Indel 等位基因类别,计算原始或 QUAL 过滤后的转换/颠换比,并比较样本级突变累积。

SKILLS

mirna-expression-analysis

分析患者-对照 qPCR/Ct 矩阵或免疫细胞 miRNA 表达矩阵,支持表结构识别、样本排除、对数转换、Welch t 检验、多重检验校正、miRNA 分母、LFC 矩阵构建、方差分析和中位数对比。

SKILLS

pathway-ora-gsea-general

从差异基因表、基因列表、排序列表或已有富集结果中识别结构并执行或查询 Reactome、WikiPathways、GO、KEGG、Enrichr/gseapy 和本地 GMT 的 ORA/GSEA 分析,返回显著性、优势比、重叠基因和核心富集基因。

SKILLS

phenotype-assay-summary

识别表型实验表格结构,计算描述统计、标准误、百分比变化、比值、组间原始差值、最接近条件和 Dunnett 风格的对照比较,并输出可审计数值。

SKILLS

phylogenetic-tree-metrics

发现分组的系统发育树和序列比对,计算树性、长枝得分、谱系距离、树长、DVMC、简约信息位点、RCV、树性/RCV 和进化速率等 PhyKIT 兼容指标,并汇总为数值、百分位、比值或 Mann-Whitney 检验结果。

SKILLS

rds-bioconductor-io

检查、读取和导出 RDS/RData 生物信息对象,支持普通数据框、DESeq2 结果、SummarizedExperiment、SingleCellExperiment 和 Seurat 组件,并明确选择 pyreadr 或 Rscript 读取方式。

SKILLS

report-amplicon-16s-its-structured

根据新生成且可审计的 ASV/OTU、物种注释、α/β 多样性、差异菌群、关联和功能预测证据,生成结构化 16S/ITS 扩增子分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-artifact-delivery-navigator

围绕新生成的文件、图表、代码和正式报告制作产物优先的交付导航,包括产物摘要、交付物索引、文件清单和输出导航页。

SKILLS

report-atac-seq-structured

根据新生成且可审计的染色质可及性、峰、差异可及性、基序、转录因子和调控网络证据,生成结构化 ATAC-seq 分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-bulk-rnaseq-differential-structured

根据新生成且可审计的计数矩阵、样本关系、差异表达和富集证据,生成结构化 Bulk RNA-seq 差异表达分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-chip-seq-structured

根据新生成且可审计的蛋白结合、峰、差异结合、基序、共结合和调控网络证据,生成结构化 ChIP-seq 分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-clinical-decision-brief

根据新生成的患者、队列、生物标志物、治疗反应或诊断结果,制作简洁的临床决策简报、MDT 简报、风险分层报告或临床建议摘要。

SKILLS

report-dna-methylation-structured

根据新生成且可审计的甲基化景观、差异甲基化位点、差异甲基化区域、启动子、富集和表达关联证据,生成结构化 DNA 甲基化分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-executive-decision-summary

把新完成的分析、项目、实验或运营审查整理为管理简报、执行摘要、关键指标决策看板、继续/终止决策备忘录或领导行动报告。

SKILLS

report-genome-denovo-assembly-structured

根据新生成且可审计的组装、纠错、挂载、完整性、污染、注释和比较基因组证据,生成结构化基因组从头组装与注释报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-hi-c-structured

根据新生成且可审计的接触矩阵、区室、TAD、环、增强子-启动子和差异互作证据,生成结构化 Hi-C 染色质构象分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-immune-repertoire-structured

根据新生成且可审计的克隆型、CDR3、VDJ 使用、多样性、克隆扩增、差异克隆型和抗原关联证据,生成结构化免疫组库分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-metabolomics-structured

根据新生成且可审计的代谢物鉴定、多变量模型、差异代谢物、通路和生物标志物证据,生成结构化代谢组分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-methods-reproducibility-audit

针对新执行的分析或流程生成详细的方法与可复现性审计,包括参数追踪、质量门禁记录和重新运行检查清单。

SKILLS

report-multiomics-integration-structured

根据新生成且可审计的单组学结果、跨组学映射、相关性、联合因子、网络和共同通路证据,生成结构化多组学联合分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-pathogen-mngs-structured

根据新生成且可审计的微生物检出、读段与覆盖支持、对照背景、污染、耐药和毒力证据,生成结构化病原宏基因组 mNGS 分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-population-genomics-gwas-structured

根据新生成且可审计的群体结构、多样性、选择、关联、精细定位和候选基因证据,生成结构化群体基因组与 GWAS 分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-project-analysis-structured

根据新生成的分析证据制作完整项目分析报告,覆盖封面信息、可复现性附录、执行摘要、项目设计与流程、结果、讨论和后续建议。

SKILLS

report-proteomics-structured

根据新生成且可审计的肽段与蛋白鉴定、定量、差异蛋白、富集、相互作用和翻译后修饰证据,生成结构化蛋白质组分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-scientific-imrad-manuscript

使用新完成的研究证据,按引言、方法、结果和讨论结构生成论文式科学报告或稿件草案,并可包含摘要等标准章节。

SKILLS

report-shotgun-metagenomics-structured

根据新生成且可审计的物种组成、多样性、功能谱、耐药、毒力、组装和宏基因组组装基因组证据,生成结构化宏基因组分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-single-cell-rnaseq-structured

根据新生成且可审计的细胞质控、聚类、注释、组成、差异状态、轨迹和细胞通讯证据,生成结构化单细胞 RNA-seq 分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-small-rna-seq-structured

根据新生成且可审计的小 RNA 组成、miRNA 鉴定、差异 miRNA、靶基因和调控网络证据,生成结构化 Small RNA-seq 分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-spatial-transcriptomics-structured

根据新生成且可审计的图像配准、空间表达、组织区域、去卷积和空间互作证据,生成结构化空间转录组分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-tumor-somatic-variants-structured

根据新生成且可审计的肿瘤体细胞变异、分级分类、生物标志物和重要阴性结果,生成结构化肿瘤体细胞变异分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-wes-wgs-germline-structured

根据新生成且可审计的胚系 SNV、Indel、CNV、结构变异、注释、表型和家系共分离证据,生成结构化 WES/WGS 胚系变异分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

report-whole-transcriptome-ncrna-structured

根据新生成且可审计的 mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA、差异转录本、靶标和 ceRNA 网络证据,生成结构化全转录组非编码 RNA 分析报告;不替代分析执行。

SKILLS

rnaseq-go-enrichment

对 Bulk RNA-seq 计数矩阵执行 DESeq2 差异表达和 GO 生物过程富集,支持目标 GO 术语查询、主要条目简化、差异基因数值查询、基因编号映射和富集背景集合设置。

SKILLS

rnaseq-result-query-overlap

识别已有 RNA-seq 差异表达结果表结构,查询基因级统计量,筛选差异基因集合,并计算重叠、特有和共有模式;在匹配时支持 Paroxetine 2017 笔记本兼容查询。

SKILLS

scrna-deg-summary

汇总多工作表的单细胞 RNA-seq 差异基因 Excel 文件,识别细胞类型工作表、基因与统计列、校正 p 值阈值,统计显著差异基因,并查询单个基因在不同免疫细胞类型中的显著性。

SKILLS

spline-response-modeling

识别生物比值、频率、剂量或比例表的响应曲线结构,拟合自然样条、二次和三次回归,报告峰值、决定系数、F 检验 p 值、置信区间和最佳模型数值。

SKILLS

tabular-spreadsheet-io

检查 CSV、TSV、XLS、XLSX 生物信息表格,列出工作表,识别表头和宽表/长表结构,并在下游分析前检查样本编号对齐。

工具

工具

alphafold_tool

查询 AlphaFold DB 的蛋白质三维结构预测模型、置信度和模型文件信息。

工具

archive_dataset_prep_tool

解压 ZIP、TAR 等归档数据集,整理可分析的工作目录和输入文件。

工具

cbioportal_tool

查询 cBioPortal 癌症研究中的样本、突变、拷贝数、表达和临床数据。

工具

check_sample_overlap

比较计数矩阵列名与 metadata 样本编号,发现缺失、重复或错配样本。

工具

chembl_tool

查询 ChEMBL 的活性化合物、药物靶点、实验测定和生物活性数据。

工具

clinicaltrials_tool

查询 ClinicalTrials.gov 的临床试验、疾病、干预、终点、状态和招募信息。

工具

clinvar_tool

查询 ClinVar 变异的临床意义、相关疾病、证据提交和审评状态。

工具

crawl_tool

抓取指定网页并提取为便于检索和引用的 Markdown 正文。

工具

db_contrast_cache_tool

缓存和读取数据库对比任务的中间结果,减少重复远程查询。

工具

dbsnp_tool

通过 NCBI 查询 dbSNP 的 rsID、等位基因、基因组坐标和变异注释。

工具

deseq2_results_query_tool

从 DESeq2 结果 RDS 中按基因查询 log2FoldChange、p 值和校正 p 值等结果。

工具

encode_tool

查询 ENCODE 的功能基因组实验、样本、assay、文件和处理流程元数据。

工具

ensembl_tool

查询 Ensembl 的基因、转录本、外显子、基因组坐标和标识符映射。

工具

execute_in_sandbox

在隔离运行环境中执行 Shell 命令,用于分析、文件转换和产物生成。

工具

file_info

读取文件路径、类型、大小等基本信息,不加载完整文件内容。

工具

gnomad_tool

查询 gnomAD 人群变异的等位基因频率、过滤状态和基因约束信息。

工具

gtex_tool

查询 GTEx 的跨组织基因表达以及 eQTL 等组织特异调控数据。

工具

gwas_catalog_tool

查询 GWAS Catalog 的性状、关联位点、风险等位基因、研究和统计结果。

工具

infer_table_schema

推断 CSV/TSV 表格的分隔符、表头、列数、数据类型和宽表/长表结构。

工具

jaspar_tool

查询 JASPAR 的转录因子结合基序、位置频率矩阵和物种注释。

工具

kegg_offline_enrichment_tool

使用本地固定 KEGG 快照进行可复现的通路过度富集分析。

工具

kegg_tool

通过 KEGG REST 查询基因、通路、疾病、反应和化合物记录。

工具

list_dir

列出目录和文件,用于快速了解数据集结构与候选输入文件。

工具

load_memory_tool

按记忆 ID 读取已保存的项目或运行记忆正文。

工具

load_recall_candidate_tool

读取 Memory Recall 已返回候选项的完整细节。

工具

ncbi_blast_tool

向 NCBI BLAST 提交序列相似性搜索并返回匹配序列和比对统计。

工具

ncbi_search_tool

通过 NCBI Entrez 查询 PubMed、Gene、SRA、GEO、序列等公共记录。

工具

opentargets_tool

查询 Open Targets 的靶点-疾病关联、遗传证据和药物开发信息。

工具

pdb_fetch_tool

按 PDB 编号获取结构详情或下载结构文件。

工具

pdb_search_tool

在 RCSB PDB 中按关键词、序列或结构条件搜索三维结构记录。

工具

pubchem_tool

查询 PubChem 化合物、结构、性质、生物活性和标识符。

工具

quickgo_tool

查询 QuickGO 的 GO 术语、层级关系和基因/蛋白功能注释。

工具

r_read_rds_tool

调用受控 R 脚本读取或检查 RDS 对象结构和内容摘要。

工具

reactome_tool

查询 Reactome 的人工整理通路、反应、参与分子和富集结果。

工具

read_data

自动识别常见文本或表格格式,读取数据预览供后续分析。

工具

read_skill

按名称读取 Skill 的说明、允许能力、工具和脚本入口。

工具

read_tool_result

按结果 ID 回读或检索已经保存的完整工具结果。

工具

recall_candidates_tool

从当前 Recall 数据源检索历史运行、结论或相关记忆候选项。

工具

search_memory_snippets_tool

在已保存记忆全文中搜索关键词并返回紧凑命中片段。

工具

search_memory_tool

使用 BM25 在记忆标题、摘要和标签中检索相关内容。

工具

skill_call

在 Skill 白名单和运行时权限检查通过后执行能力、工具或脚本入口。

工具

stringdb_tool

查询 STRING 的蛋白质相互作用网络、功能关联和网络富集信息。

工具

summarize_and_remember_tool

用模型压缩长文本并将摘要持久化为可检索记忆。

工具

tavily_search

通过 Tavily 搜索网页,返回相关页面、摘要和来源链接。

工具

uniprot_tool

查询 UniProt 的蛋白质序列、功能、亚细胞定位、同义词和注释。

工具

xlsx_reader_tool

列出 Excel 工作表并按指定工作表检查表头、结构和数据预览。

数据库

数据库

alphafold

已接入

AlphaFold DB:收录蛋白质三维结构预测模型、残基置信度和模型文件。

数据库

cbioportal

已接入

cBioPortal:收录癌症队列的突变、拷贝数、表达、样本和临床数据。

数据库

chembl

已接入

ChEMBL:收录药物样分子、靶点、活性测定及化合物-靶点生物活性。

数据库

clinicaltrials

已接入

ClinicalTrials.gov:收录临床试验方案、疾病、干预、终点、状态和招募信息。

数据库

clinvar

已接入

ClinVar:收录人类遗传变异的临床意义、相关表型及提交证据。

数据库

dailymed

待接入

DailyMed:收录 FDA 在用药品标签、成分、适应证、剂量和安全信息。

数据库

dbsnp

已接入

dbSNP:收录短遗传变异、rsID、等位基因和基因组定位信息。

数据库

emdb

待接入

EMDB:收录冷冻电镜等三维电子显微密度图及实验元数据。

数据库

encode

已接入

ENCODE:收录转录调控、染色质、转录因子和功能基因组实验数据。

数据库

ensembl

已接入

Ensembl:提供基因组、基因、转录本、外显子、同源关系和变异注释。

数据库

geo

待接入

GEO:收录基因表达、测序和其他功能基因组学研究及样本数据。

数据库

gnomad

已接入

gnomAD:汇总大规模人群测序变异频率和基因约束指标。

数据库

gtex

已接入

GTEx:收录正常人体组织的基因表达和表达数量性状位点数据。

数据库

gtopdb

待接入

Guide to PHARMACOLOGY:整理药物靶点、配体及其药理作用关系。

数据库

gwas_catalog

已接入

GWAS Catalog:整理性状与遗传位点关联、研究样本和显著性统计。

数据库

interpro

待接入

InterPro:整合蛋白质家族、结构域、功能位点和分类注释。

数据库

iucn

待接入

IUCN Red List:收录物种保护等级、种群趋势、威胁和分布信息。

数据库

jaspar

已接入

JASPAR:收录转录因子 DNA 结合基序和位置频率矩阵。

数据库

kegg

已接入

KEGG:整合基因、通路、疾病、药物、反应和代谢物知识。

数据库

monarch

待接入

Monarch Initiative:整合基因、疾病、表型、模式生物及其关联。

数据库

mpd

待接入

Mouse Phenome Database:收录小鼠品系表型、基因型和实验测量数据。

数据库

ncbi_blast

已接入

NCBI BLAST:远程执行序列相似性搜索,返回匹配序列、比对和显著性。

数据库

openfda

待接入

openFDA:提供药品、器械、食品等 FDA 公开监管和不良事件数据。

数据库

opentarget

已接入

Open Targets:整合靶点-疾病关联、遗传学、组学和药物证据。

数据库

pbdb

待接入

Paleobiology Database:收录化石分类、地质年代、产地和古生物出现记录。

数据库

pdb

已接入

Protein Data Bank:收录蛋白质、核酸和复合物的实验三维结构。

数据库

pride

已接入

PRIDE:收录质谱蛋白质组学项目、原始文件、鉴定和定量结果。

数据库

pubchem

已接入

PubChem:收录化合物结构、理化性质、生物测定和关联标识符。

数据库

quickgo

已接入

QuickGO:提供 Gene Ontology 术语、关系和基因/蛋白功能注释。

数据库

reactome

已接入

Reactome:收录人工整理的生物通路、反应和参与分子。

数据库

remap

待接入

ReMap:整合 ChIP-seq 等实验得到的转录调控因子结合区域。

数据库

stringdb

已接入

STRING:整合已知和预测的蛋白质功能关联及相互作用网络。

数据库

ucsc

待接入

UCSC Genome Browser:提供基因组序列、注释轨道和跨物种比较数据。

数据库

unichem

待接入

UniChem:提供不同化学数据库之间的化合物标识符映射。

数据库

uniprot

已接入

UniProt:收录蛋白质序列、功能、结构域、定位和交叉数据库注释。

数据库

worms

待接入

WoRMS:提供海洋生物分类、学名、同物异名和分布信息。

共 140 项资源

从结果到洞察,AI 帮你多想一步

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第 1 页,共 19 页
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从研究背景出发,了解分析流程与报告交付。

CASE 01

弥漫大 B 细胞淋巴瘤预后风险模型构建

案例背景

弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)是最常见的非霍奇金淋巴瘤亚型,临床异质性大——即使接受相同的标准化疗方案(R-CHOP),患者的预后差异显著。基于基因表达谱构建预后风险模型,是实现精准分层和个体化治疗的关键手段。本任务使用已发表的数据集,包含 420 例 DLBCL 患者的基因芯片表达谱和完整临床随访信息,涵盖分子分型(GCB / ABC)、生存状态、生存时间、分期、LDH 等关键变量。

结果解释

该分析基于 420 例 DLBCL 患者的转录组数据,构建了一个 63 基因 LASSO-Cox 风险模型,能将患者清晰分为高/低风险两组(中位 OS:1.51 年 vs 未达到,P=1.18e-31),且该风险评分独立于年龄、分期、LDH、ECOG 等传统临床因素(校正后 HR=4.59),将预后判别力从 C-index 0.731 提升至 0.862。模型包含了与 DLBCL 免疫微环境相关的已知基因(SPP1、MS4A4A),具有潜在的临床分层价值,但尚需外部独立队列验证后方可用于临床决策。

查看案例完整报告 在新窗口打开
CASE 02

造血分化单细胞拟时序轨迹分析

案例背景

利用小鼠骨髓单细胞 RNA-seq 数据重建造血分化路径,识别分支决策点以及随分化变化的关键基因。

结果解释

示例报告基于 8,399 个细胞,通过 PAGA 与 Diffusion Pseudotime 重建 6 条分化路径和 4 个分支点,展示各分支的调控因子及动态基因表达。

查看案例完整报告 在新窗口打开
CASE 03

蛋白互作网络(PPI)分析

案例背景

以溃疡性结肠炎转录组数据为例,从差异表达基因出发,结合蛋白互作网络和拓扑分析筛选核心调控基因。

结果解释

示例报告筛选出 299 个差异表达基因,构建包含 224 个节点、1,283 条边的 STRING 网络,再结合 MCODE 和多种拓扑算法得到 8 个候选枢纽基因。

查看案例完整报告 在新窗口打开
CASE 04

单细胞RNA-seq聚类与注释

案例背景

以 PBMC3k 外周血单个核细胞数据为例,从表达矩阵出发,完成质控、标准化、降维、聚类和细胞类型注释。

结果解释

示例报告在质控后保留 2,643 个细胞,进行 Louvain 聚类、UMAP 可视化及标志基因分析,将 10 个聚类注释为 9 种 PBMC 细胞类型。

查看案例完整报告 在新窗口打开
CASE 05

生物标志物筛选(机器学习)

案例背景

使用 106 例肥厚型心肌病患者和 39 例健康对照的心脏组织表达数据,结合氧化应激相关基因与机器学习方法筛选候选标志物。

结果解释

示例报告从 899 个差异表达基因中得到 23 个氧化应激相关候选基因,经 LASSO 与 SVM-RFE 交叉筛选得到 PRKCD、MGST1 和 CA3,并展示其表达差异和 ROC 分析。

查看案例完整报告 在新窗口打开

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